El este căsătorit din 1997 cu actriţa Tea Leoni, cu care are o fiică, în vârstă de 9 ani, şi un fiu, în vârstă de 6 ani.
Duchovny a indicat, printr-un comunicat dat publicităţii de avocatul său, că s-a internat de bunăvoie într-o clinică pentru a-şi trata dependenţa de sex. Actorul a cerut presei să respecte intimitatea soţiei şi a copiilor lor.
C.P.
